Covid-19 : variants, chimères et autres mutations sous surveillance

Pourquoi stopper les vols en provenance du Brésil et pas d'Afrique du Sud ? Pourtant, la souche du SARS-CoV2 qui circule majoritairement dans ce pays et dans un quinzaine d'autres du continent africain inquiète aussi les services de santé. Il faut dire que ces mutations du Covid-19 peuvent contourner la protection apportée par une première infection et même par certains vaccins.

Quand un virus passe d’hôte en hôte, il se recopie mais il commet des erreurs. C’est ainsi qu’il change son code génétique et sa carte d’identité. Le variant sud-africain a aussi muté sur sa protéine de pointe, celle qui lui sert de clé d’entrée dans nos cellules. Celle que les vaccins utilisent aussi pour informer notre système immunitaire qu’il est attaqué. Pour la première fois, une étude israélienne a montré la semaine dernière que le vaccin Pfizer-BioNTech, pourtant très efficace, est moins protecteur contre cette souche sud-africaine. Dans l’étude, 150 patients vaccinés avec deux doses étaient quand même porteurs de ce variant, même s’ils n’ont pas fait de formes graves de Covid-19.

Un nouveau variant a été découvert en Angola fin mars. Les chercheurs de l’université de Durban, ceux qui avaient isolé la souche sud-africaine, l’ont qualifié de variant "le plus muté". Il en a une dizaine de plus que les autres. Il a été trouvé sur quelques passagers en provenance de Tanzanie, lors de tests à l’aéroport. Une provenance qui ne surprend pas vraiment les chercheurs.

We just submitted a pre-print 'A novel variant of interest (VOI) of SARS-CoV-2 with multiple spike mutations detected through travel surveillance in Africa.'

This VOI has 31 amino acids mutations. In Spike has 11 mutations and three deletions in the N-terminal domain pic.twitter.com/ql6pmzM0eJ

— Tulio de Oliveira (@Tuliodna) March 25, 2021

La Tanzanie n’a pas pris de mesures de confinement très fortes l’an dernier. Son président a été vivement critiqué, notamment pour avoir prôné des bains de vapeur au gingembre et au citron pour venir à bout du virus. Pour l’instant, il n’y a que quelques cas de ce variant mais les chercheurs veulent le surveiller de près. Il faut dire que l’Afrique du Sud a renoncé à utiliser le vaccin AstraZeneca en raison de sa faible efficacité contre le variant qui circule majoritaire dans le pays. Ils ne veulent pas qu'une autre souche, résistante aux autres vaccins, s'installe à sa place.

Le mutant double indien inquiète

L'Inde fait face à une nouvelle flambée épidémique aujourd'hui. À la fois, parce qu'il y a très peu de gestes barrières mais aussi parce qu'un variant semble échapper aux tests. Un variant double, aussi appelé chimère : une même personne est infectée par deux souches différentes du virus. Elle va alors recombiner ses deux souches en une troisième : un variant-recombinant.

Il n’y a pas qu’en Inde que de tels phénomènes ont été observés, phénomènes d’ailleurs assez classiques dans la vie d’un virus. Au Royaume-Uni, aussi, les chercheurs ont déjà trouvé plusieurs lignées de chimères. Pour l’instant, on ne sait pas si l’une d’entre est plus contagieuse et peut faire repartir l’épidémie.

En France, nous avons principalement du variant britannique, aujourd'hui, environ 5% de sud-africain et brésilien mais 10% sont classés dans la catégorie "autres". Selon l’infectiologue Benjamin Davido de l’hôpital Raymond Poincaré, interrogé dans L'Obs, il n’est pas exclu que quelques cas existent aussi sur notre territoire.